कीटाणुनाशकों के भंडारण के लिए कई पहलुओं पर ध्यान देने की आवश्यकता होती है। सबसे पहले, कीटाणुनाशकों को सूखी, ठंडी और अच्छी तरह हवादार जगह पर संग्रहित किया जाना चाहिए। उच्च तापमान और आर्द्रता के कारण कीटाणुनाशक विघटित या ख़राब हो सकते हैं, जिससे उनका प्रदर्शन कम हो जाता है। उच्च तापमान पर, कीटाणुनाशक के कुछ घटक रासायनिक प्रतिक्रियाओं से गुजर सकते हैं, जिससे इसका जीवाणुनाशक प्रभाव काफी कम हो जाता है; जबकि नमी के कारण कीटाणुनाशक नमी को अवशोषित कर सकता है, जिससे इसकी स्थिरता और प्रभावशीलता प्रभावित हो सकती है। दूसरा, सीधी धूप से बचना चाहिए। सूरज की रोशनी में पराबैंगनी किरणें कीटाणुनाशक के घटकों को नुकसान पहुंचा सकती हैं, जिससे इसकी खराब होने की प्रक्रिया तेज हो सकती है। साथ ही, कीटाणुनाशकों के लिए भंडारण आवश्यकताओं का पालन किया जाना चाहिए, समाप्ति तिथि पर ध्यान देना चाहिए और समाप्त हो चुके कीटाणुनाशकों के उपयोग से बचना चाहिए। समाप्त हो चुके कीटाणुनाशकों के प्रदर्शन में बदलाव हो सकता है, अपेक्षित जीवाणुनाशक प्रभाव प्राप्त करने में विफल हो सकते हैं, और सिस्टम पर प्रतिकूल प्रभाव भी पड़ सकता है। इसके अलावा, विशेष गुणों वाले कुछ कीटाणुनाशकों, जैसे ज्वलनशील, विस्फोटक, या जहरीले कीटाणुनाशकों के लिए, भंडारण वातावरण की सुरक्षा सुनिश्चित करने और दुर्घटनाओं को रोकने के लिए विशेष भंडारण उपायों की आवश्यकता होती है। भंडारण के दौरान आपसी हस्तक्षेप से बचने के लिए कीटाणुनाशकों को भी अन्य वस्तुओं से अलग संग्रहित किया जाना चाहिए।
